Grisaia: Phantom Trigger THE ANIMATION

پس از حادثه‌ی هیت اسلو، وجود سازمان ضدتروریستی آمریکایی-ژاپنی «CIRS» به‌طور عمومی فاش می‌شود. این سازمان از پایه بازسازی شده و مخفیانه‌ترین فعالیت‌هایش به یک سازمان جدید به نام «SORD» (عملیات اجتماعی، پژوهش و توسعه) منتقل می‌شود.

هدف SORD آموزش نسل جدیدی از نیروهای عملیاتی است تا از کشور در برابر تهدیدهای آینده دفاع کنند. برای رسیدن به این هدف، این سازمان مجموعه‌ای از مدارس را در سراسر کشور تأسیس می‌کند.

آکادمی میهاما که پس از تعطیلی ناگهانی‌اش تقریباً به حال خود رها شده بود، حالا هدف تازه‌ای پیدا می‌کند و به یکی از همین «مدارس آموزش تخصصی» تبدیل می‌شود.

این نسخه‌ی جدید از آکادمی میهاما، میزبان گروه متنوعی از دانش‌آموزان است؛ دانش‌آموزانی که هر روز تلاش می‌کنند مهارت‌های غیرمعمول خود را تقویت کنند و گاهی هم این کار را در میدان عمل انجام می‌دهند.

حالا میهاما اسلحه و مهمات واقعی را در اختیار دختران ناسازگاری قرار داده که در آنجا آموزش می‌بینند. این دانش‌آموزان بدون توجه چندانی به امنیت خود، بارها به مأموریت‌های خطرناک و خارج از چارچوب قانونی فرستاده می‌شوند؛ همه برای حفظ امنیت کشور.